Do datové schránky se lze přihlásit i s vyšší bezpečností díky možnosti volby přihlašovacího certifikátu. Bohužel v případě kompromitace počítače, ze kterého se uživatel přihlašuje, může útočník získat nejen uživatelské jméno a heslo, ale i certifikát. Takže zvýšení bezpečnosti může být jen zdánlivé.
Datovou schránku si již úspěšně vyzkoušeli první uživatelé. Přístupové údaje přijdou poštou, zde nebývají žádné problémy. Pomocí těchto údajů je možné se přihlásit do administračního rozhraní informačního systému datových schránek (ISDS). Právě proto, že zatím nejde přímo o vstup do samotné datové schránky, je možné její aktivaci ještě odložit.
Před aktivací datové schránky je vhodné přejít do sekce Nastavení a učinit několik kroků:
Dále je vhodné přejít k aktivaci datové schránky. Je na to snadno nalezitelný odkaz. Každý, kdo si zřídil datovou schránku na vlastní žádost si ji musí aktivovat do 15 dnů od přijetí přihlašovacích údajů. Ostatní subjekty, které mají datovou schránku povinně ze zákona si ji musí aktivovat nejpozději do 1. listopadu 2009, jinak jim bude aktivována automaticky.
Odesílánání nové zprávy z datové schránky je poměrně jednoduché a dá se přirovnat ke klasickému e-mailu. Nejdříve se vybere z adresáře adresát zprávy (zatím může jít jen o orgány státní moci, které již mají datovou schránku zřízenu). Dále je možné zapsat předmět zprávy a další údaje o zprávě. Bohužel není možné zapsat přímo text zprávy, ten je možné přidat pouze v příloze. Na výběr je řada formátů, vhodné je přiložit PDF soubor s textem zprávy. Po přibalení je možné zprávu odeslat.
Pro každou odeslanou datovou zprávu je vidět okamžik jejího doručení a dále je možné zjistit, kdy se příjemce přihlásil ke své datové schránce. To je počítáno jako okamžik přečtení datové zprávy. Není rozhodující, zda si příjemce zprávu přečetl, anebo ne.
U každé přijaté zprávy je vidět odesílatele, příjemce, předmět zprávy a další údaje. Protože text zprávy nelze odeslat, u zprávy je vždy přibalen ve formě přílohy. Na zprávu je možné odpovědět, vytisknout, uložit, případně ji odeslat ke kvalifikované konverzi. Konverze je ale možná jen u formátu pdf.
Pro právnické osoby je zřízení datové schránky povinné. Všem právnickým osobám (typicky společnost s ručením omezeným nebo akciová společnost), zapsaným v obchodním rejstříku, bude datová schránka zdarma automaticky zřízena přímo Ministerstvem vnitra.
Datovou schránku je možné napojit na interní systém pro správu dokumentů.
Datová schránka je zřízena automaticky. Přístupové údaje budou doručeny poštou do vlastních rukou jednatelů společnosti.
